Sie konzertiert mit Solo-Recitals und als Kammermusikerin, mit Konzertreisen in die USA, nach Süd-Korea, China, Kanada und in viele europäische Länder. Sie ist eine gefragte Kammermusikerin in verschiedenen Konstellationen und konzertiert als Gast bei MusikFabrik NRW und mit den Neuen Vocalsolisten. Sie konzertierte bei Romanischer Sommer Köln, Forum Neue Musik des DLF, Ultraschall, Movimentos , SMCQ Kanada und vielen anderen Festivals. Eine rege Zusammenarbeit verbindet sie mit zahlreichen zeitgenössischen Komponisten, deren Werke sie uraufführt. In eigenen Projekten initiiert sie neue Werke für Akkordeon. Zahlreiche Rundfunkporträts verdeutlichen diese Spezialisierung, ihre CD Einspielungen, solo und Kammermusik, entstanden allesamt in Kooperation mit verschiedenen Rundfunkanstalten. In MIXTURA realisiert sie zusammen mit Katharina Bäuml seit 2011 gemeinsame Projekte im Spannungsfeld von Alter und Neuer Musik. Vier thematische CD Einspielungen gingen daraus hervor. Zusammen mit Olaf Tzschoppe erarbeitete sie in duo etendis bereits eine Reihe exklusiv für die beiden MusikerInnen komponierte Werke. Eine feste Besetzung im Bereich klassischer Instrumente pflegt sie mit Axel Porath, Bratsche.

Margit Kern lehrt als Honorarprofessorin an der Hochschule für Künste, Bremen, im Fachbereich Musik.